IX. Проведение микробиологического мониторинга с использованием молекулярно-биологических методов в дополнение к культуральным методам исследования

9.1. К молекулярно-биологическим методам исследования относятся методы выявления и характеристики инфекционных агентов на основе исследования их нуклеиновых кислот с применением или без применения амплификационных технологий, путем определения наличия, размера и нуклеотидного состава различных элементов генома возбудителя, либо сочетания этих подходов.

9.2. Применение молекулярно-биологических методов исследования расширяет возможности проведения эпидемиологической диагностики ИСМП и решает следующие задачи:

• внутривидовое типирование с целью определения генетической (клональной) общности штаммов микроорганизмов, выделенных от пациентов или с объектов внешней (больничной) среды, вероятного источника инфекции и факторов передачи при эпидемических вспышках и в рутинной практике;
• верификация случаев внутрибольничного инфицирования на основе установленной генетической (клональной) общности штаммов микроорганизмов, идентификация госпитальных штаммов или штаммов, заносимых в стационар;
• идентификация эпидемических клонов;
• выявление штаммов с необычными биологическими свойствами, штаммов с высокой вирулентностью, УПП;
• выявление маркеров антимикробной резистентности, в том числе непосредственно в биологическом материале, что позволяет оперативно корректировать схему антибиотикотерапии;
• динамическое слежение за микроэволюционными изменениями, происходящими в геномах возбудителей ИСМП, с оценкой их эпидемиологического значения.

9.3. В лабораторной диагностике инфекционных болезней применяются протеомные методы исследования, в частности, матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация с время пролетной масс-спектрометрией (англ. Matrix-Assisted Lazer Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry, далее – MALDI-TOF-MS). MALDI-TOF-MS позволяет проводить идентификацию возбудителя и дает возможность с высокой точностью идентифицировать широкий спектр микроорганизмов.

9.4. Применение молекулярно-биологических методов исследования незаменимо в случаях отрицательных результатов диагностики традиционными (культуральными) методами, для образцов, взятых после проведения терапии ПМП или на поздних стадиях развития болезни, необходимости получения срочного диагностического результата. Также показано преимущество совместного применения культуральных и молекулярно-биологических методов при проведении микробиологического мониторинга.

9.5. Выбор методов генетического типирования при проведении микробиологического мониторинга с использованием молекулярно-биологических методов определяется задачами эпидемиологического надзора за ИСМП в конкретной МО.

9.6. Рекомендуется организация контроля за УПП ESCAPE-патогеновПункт 3397 СанПиН 3.3686-21., устойчивых к клинически важным ПМП: цефалоспоринам, карбапенемам, гликопептидам, фторхинолонам, аминогликозидам. При этом, особое значение уделяется штаммам: метициллинрезистентных S. aureus (MRSА); Е. colt и К. pneumoniae, продуцирующим БЛРС и устойчивым к карбапенемам; P. aeruginosa и Acinetobacter spp., устойчивым к карбапенемам; Е. faecalis и Е. faecium, устойчивым к гликопептидам (ванкомицин-резистентные Enterococcus, VRE), а также микроорганизмов, несущих гены группы mcr (устойчивость к колистину).

9.7. Наиболее распространенными и клинически важными факторами УПП у бактерий являются сериновые карбапенемазы молекулярного класса А (КРС -К. pneumoniae carbapenemase), металло-β-лактамазы (далее – МБЛ) (молекулярный класс В) и отдельные ОХА-ферменты (молекулярный класс D).

9.8. Генетические маркеры УПП с учетом видов микроорганизмов, представлены в таблице 5.

Таблица 5. Генетические маркеры УПП с учетом видов микроорганизмов