Инструкция по проведению диагностики COVID-19 с применением методов амплификации нуклеиновых кислот
Общие положения
В соответствии с приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации № 198н и Методическими рекомендациями MP3.1.0169-20 «Лабораторная диагностика COVID-19», утвержденными Главным санитарным врачом Российской Федерации 30.03.2020, диагностика новой коронавирусной инфекции проводится во всех лабораториях Российской Федерации вне зависимости от их организационно-правовой формы (далее – Лаборатория), имеющих санитарно-эпидемиологическое заключение о возможности проведения работ с возбудителями инфекционных заболеваний человека III - IV патогенности и условия для исследований с применением МАНК.
Лабораторные исследлования проводятся в соответствии с приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 18 мая 2021 г. №464н «Об утверждении Правил проведения лабораторных исследований».
Для выявления возбудителя SARS-CoV-2 используются МАНК (без накопления возбудителя) с применением, зарегистрированных в установленном порядке на территории Российской Федерации тест-систем, в соответствии с инструкциями по их применению.
Этиологическая диагностика COVID-19 проводится с применением МАНК: полимеразной цепной реакции (ПЦР) и изотермальной амплификации (LAMP).
Основным видом биоматериала для лабораторного исследования на РНК SARS-CoV-2 является материал, полученный при заборе мазка из носоглотки (из двух носовых ходов) и ротоглотки. Мазки со слизистой оболочки носоглотки и ротоглотки собираются в одну пробирку для большей концентрации вируса. При признаках заболевания нижних дыхательных путей в случае получения отрицательного результата в мазках со слизистой носо- и ротоглотки дополнительно исследуются мокрота (при наличии) или промывные воды бронхов, полученные при фибробронхоскопии (бронхоальвеолярный лаваж), (эндо)трахеальный, назофарингеальный аспират. У пациентов, находящихся на ИВЛ, с целью выявления SARS-CoV-2 рекомендуется получение и исследование аспирата содержимого трахеи. В качестве дополнительного материала для исследования могут использоваться биопсийный или аутопсийный материал легких, цельная кровь, сыворотка, фекалии.
Сбор, хранение и транспортировка диагностического материала
Забор диагностического материала, его упаковка, маркировка и транспортировка осуществляется в соответствии с требованиями и правилами по работе с материалами, потенциально инфицированными возбудителями II группы патогенности, их хранения и транспортировки согласно МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих МАНК при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I – IV групп патогенности» и Методическим рекомендациям Роспотребнадзора MP 3.1.0169-20 «Лабораторная диагностика COVID-19».
Медицинский работник, выполняющий забор диагностического материала, его маркировку и упаковку, должен пройти инструктаж по санитарно-эпидемиологическим требованиям и правилам биологической безопасности при работе с пациентами, потенциально инфицированными микроорганизмами II группы патогенности. Биологический материал (мазки из носоглотки, ротоглотки, фекалии) может быть отобран самостоятельно пациентом согласно инструкции. Медицинский работник должен быть обеспечен СИЗЛучевая диагностика коронавирусной болезни (COVID-19): организация, методология, интерпретация результатов: методические рекомендации / сост. С. П. Морозов, Д. Н. Проценко, С. В. Сметанина [и др.] // Серия «Лучшие практики лучевой и инструментальной диагностики». – Вып. 93. –М.: ГБУЗ «НПКЦ ДиТ ДЗМ», 2020. –102 с..
Мазок из носоглотки или ротоглотки (зева) берется стерильным тампоном, который после взятия материала помещается в стерильную пластиковую пробирку с транспортной средой (с учетом рекомендаций производителя применяемых наборов реагентов). Для повышения концентрации вируса носоглоточные и орофарингеальные мазки должны быть помещены в одну пробирку. Температура при транспортировке должна быть +2°-+8 °C. Время хранения образцов до исследования не должно превышать 5 дней при +2°-+8 °C, может быть больше - при -20 °С или -70 °С.
Мокрота собирается в одноразовый стерильный пластиковый контейнер объемом 30-50 мл, герметично закрывающийся завинчивающейся пробкой. Диаметр горлышка контейнера должен быть не менее 30 мм. Необходимо убедиться, что собранный материал представляет собой мокроту (отделяемое нижних дыхательных путей). Транспортировка образцов может проводиться при температуре +2°-+8 °C. Время хранения образцов до исследования не должно превышать 48 часов при +2°-+8 °C при хранении в транспортной среде, содержащей противогрибковые и антибактериальные препараты, более - при -20 °C или -70 °C.
Эндотрахеальный аспират, аспират носоглотки или смыв из носа собирается в стерильный одноразовый контейнер. Транспортировка образцов может проводиться при температуре +2°-+8 °C. Время хранения образцов до исследования не должно превышать 48 ч при +2°-+8 °C, более – при -20 °C или -70 °C.
Бронхоальвеолярный лаваж собирается в стерильный одноразовый контейнер. Транспортировка образцов может проводиться при температуре +2°-+8 °C. Время хранения образцов до исследования не должно превышать 48 ч при +2°-+8 °C, более – при -20 °C или -70 °C.
Ткани биопсии или аутопсии, включая легкие, помещаются в одноразовые контейнеры с физиологическим раствором, содержащим противогрибковые и антибактериальные препараты (собираются в стерильный одноразовый контейнер). Транспортировка образцов может проводиться при температуре +2°-+8 °C. Время хранения образцов до исследования не должно превышать 24 ч при +2°-+8 °C, более – при -20 °C или -70 °C.