Как в случае здорового состояния, так и в случае болезни при анализе ВРС важное место отводится анализу резервов регуляции, сбалансированности отделов ВНС, их устойчивости и реактивности. На основании этих показателей возможно строить количественную оценку состояния регуляторных систем, прогнозирование течения болезни, введение пациента и при необходимости внесение коррективов в терапию. С одной стороны, методика ВРС является в достаточной мере персонифицированной технологией, позволяющая анализировать тонкие изменения ресурсов регуляции в динамике, насколько они адекватны или нет. Однако физиология реакций регуляции при различных заболеваниях обладает в достаточной мере общими чертами течения патологического процесса. Важно понимать, что ВРС оценивает состояние ВНС на момент исследования и ее регуляция, как и любая другая функция, обладает краткосрочными и долгосрочными изменениями.
В психоневрологической практике встречается большое количество заболеваний, сопровождающихся всевозможными вегетативными расстройствами разной степени, представляя собой часто встречаемый феномен как в общемедицинской практике, так и в популяции в целом, что делает необходимым применение ВРС в дифференциальной диагностике.