Поскольку метод проточной цитометрии является относительным, для корректной интерпретации результатов необходимо проведение негативного и позитивного контролей для каждого обследуемого пациента.
Негативным контролем является образец крови, окрашенный антителами в стандартной манере, но без внесения каких-либо стимулов, т.е. в присутствии только буферного раствора. В пробе с негативным контролем оценивают базальный уровень активации базофилов.
Позитивным контролем для теста активации базофилов будет образец крови, в который для оценки уровня поликлональной активации базофилов внесен специальный реактив, входящий в состав набора. В качестве таких активирующих стимулов возможно использование 2-х вариантов реагентов, которые задействуют или неспецифический путь активации клеток или сигналинг, обусловленный взаимодействием с мембранным иммуноглобулином Е. В разных наборах (табл.3) применяют панлейкоцитарный стимулятор хемотаксиса fMLP (N-Formyl-Met-Leu-Phe) и/или антитела к высокоаффинному рецептору иммуноглобулина Е (FcεRI)/комплексу IgE-FcεRI. Для того чтобы возможно было корректно оценить специфическую активацию базофилов на аллерген, необходимо при исследовании положительного контрольного образца зарегистрировать превышение количества активированных базофилов не менее, чем на 10% [96] по сравнению с негативным контролем. Пациентов, базофилы которых не отвечают активацией на позитивный контроль, в литературе обозначают как «нонреспондеры» [97]. Количество «нонреспондеров» в популяции находится на уровне 2,5-17% [97,98]. В этом случае невозможна корректная интерпретация отрицательных результатов в тесте с аллергеном [97].