Кисты челюстных костей делятся на истинные (выстланные эпителием) и ложные — псевдокисты (без выстилки). Ложные кисты могут встречаться в различных опухолях челюстей, при пороках развития или быть следствиями травм. Примерами псевдокист являются так называемые аневризмальная костная киста и солитарная костная киста (травматическая, простая, геморрагическая). В результате воспаления эпителий истинной кисты может подвергаться некрозу, и в следствие его утраты такая киста может при патогистологическом исследовании имитировать ложную.
Среди истинных кист принято выделять группы одонтогенных (воспалительных и дизэмбриогенетических) и неодонтогенных кист челюстных костей.