Новый коронавирус SARS-CoV-2 представляет собой одноцепочечный РНК-содержащий зооантропонозный вирус, относится к семейству Coronaviridae, к линии β-коронавирусов. Вирус отнесен ко II группе патогенности.
Рибонуклеиновая кислота (РНК) коронавируса COVID-19 состоит из почти 30 000 нуклеотидов, подвержена мутациям и постоянно изменяется, вследствие чего регулярно появляются и исчезают новые генетические варианты. Один из основных способов классификации SARS-CoV-2 предложен консорциумом Nextstrain (https://nextstrain.org/). Первые две цифры обозначают год возникновения варианта вируса, следующие буквы позволяют различать варианты вирусов, возникшие в один и тот же год (https://nextstrain.org/blog/2021-01-06-updated-SARS-CoV-2-clade-naming) [36].
Коронавирус постоянно изменяется, накапливает генетические мутации, как и любой другой вирус. В настоящее время новые варианты SARS-CoV-2 разделяют на три группы в соответствии с потенциальным воздействием на трансмиссивность, тяжесть и/или иммунитет, которые, вероятно, окажут влияние на эпидемиологическую ситуацию [38].
К группе VOC («Variants of Concern», или варианты, вызывающие озабоченность) относятся варианты, для которых известно, что их воздействие является значительным. К группе VOI («Variants of Interest», или варианты, вызывающие интерес) относятся варианты, для которых предварительные данные указывают на возможное воздействие. К группе VUM («Variants under Monitoring», или варианты под наблюдением) относятся варианты, для которых нет данных, указывающих на возможное воздействие. На рис. 4 представлены варианты SARS-CoV-2, относящиеся к различным группам. Наиболее значимые с точки зрения ВОЗ варианты обозначаются буквами латинского алфавита. На 25 октября 2022 г. 6 вариантов SARS-CoV-2 получили такое обозначение (от «Альфа» до «Омикрон»). Примерно с начала 2022 г. продолжается только циркуляция вирусов группы «Омикрон» (рис. 4).
&hide_Cookie=yes)
Рис. 4. Динамика распространения разных вариантов SARS-CoV-2 (https://nextstrain.org/)
В новом варианте «Омикрон» в сравнении с предыдущими вирусами возникло по крайней мере 50 мутаций, из них 32 — в шиповидном белке. Эти мутации ассоциируют с более высокой передачей инфекции и более вероятным шансом ухода этого геноварианта коронавируса от специфического иммунного ответа человеческого организма по сравнению с предыдущими штаммами [24–29].
На долю геноварианта «Омикрон» сейчас приходится 98% всех выявляемых коронавирусов. Если будет доказано, что у какой-либо новой линии присутствуют особые характеристики, отличающие ее от «Омикрона», она будет выделена в отдельный вариант с присвоением собственного имени. При этом буквы греческого алфавита для названия вновь выявленных геновариантов коронавируса практически полностью исчерпаны. По предложению ВОЗ планируется присваивать новым штаммам коронавируса SARS-CoV-2 название созвездий. Так, открытый летом 2022 г. новый подвид штамма «Омикрон» получил в средствах массовой информации название «Кентавр», что пока официально не утверждено ВОЗ. Эта мутация варианта «Омикрон» была обнаружена в Индии и в 10 других странах, включая Нидерланды, Австралию, Германию, Великобританию, США и Канаду, а в июле 2022 г. — Россию.
В настоящее время (сентябрь 2022 г. — февраль 2023 г.) выделяют различные линии (подтипы) геноварианта «Омикрон»: BA.4, BA.5 («Ниндзя»), BA.2.75 («Кентавр»), BA.2 («Стелс-омикрон»), BQ.1 («Цербер»), XBB.1.5 («Кракен»).
В марте 2022 г. ВОЗ сообщила о прекращении отслеживания всех вариантов, вызывающих интерес, — VOI (Variants of Interest), в мае 2022 г. — всех вариантов, находящихся под контролем, — VUM (Variants under monitoring). Ранее в эту группу входили «Эпсилон», «Зета», «Эта», «Тета», «Йота», «Каппа», «Лямбда» и «Мю». В июле 2022 г. ВОЗ исключила «Дельту» из вариантов, вызывающих беспокойство (Variants of concern, VOC).