Гинекология детей и подростков как одна из форм специализированной гинекологической помощи начала развиваться более 80 лет назад. В конце 30-х гг. прошлого столетия венгерским педиатром Ласло Добцем начато методическое изучение физиологии и патологии женских половых органов в детском возрасте. Первое детское гинекологическое отделение в Европе было открыто в 1940 г. в акушерско-гинекологической клинике при медицинском факультете Карлова университета в Праге профессором Рудольфом Петером, и поэтому возникновение деткой гинекологии как новой отрасли медицины датируется этим годом. Следует отметить, что первые научные исследования в этой области выполнялись акушерами-гинекологами и ранее, в том числе в России: в Императорской военно-медицинской академии Д.Д. Поповым (1893), К.Ф. Славянским (1897), К.К. Скробанским (1901) и на кафедре педиатрии, возглавляемой Н.П. Гундобиным.
Начало изучения заболеваемости репродуктивной системы у девочек в СССР связано с организацией детских гинекологических кабинетов. Первый такой кабинет с названием «Диспансер гигиены и физического развития девочек» был создан в СССР в феврале 1955 г. по инициативе А.Ю. Лурье при акушерско-гинекологической клинике Киевского медицинского института. Работу этого кабинета возглавила Ю.А. Крупко-Болыпова, которая выработала методические указания о работе кабинетов детской гинекологии. Чуть позже амбулаторный прием по детской гинекологии открылся при Ленинградском педиатрическом медицинском институте. В 1956 г. там же по инициативе А.И. Петченко были выделены койки в гинекологическом отделении для госпитализации девочек и девушек-подростков с гинекологическими заболеваниями. Одной из первых работ по детской гинекологии была монография И.И. Богорова «Гинекология детского возраста» (М.: Медгиз, 1960). Проф. А.И. Петченко подготовлено руководство «Клиника и терапия гинекологических заболеваний у детей» (Киев, 1964). Однако книга вышла небольшим тиражом по меркам того времени — 5400 экземпляров. При этом был использован клинический материал гинекологической клиники Ленинградского педиатрического медицинского института и женской консультации Крымского медицинского института. На X Всесоюзном съезде акушеров-гинекологов (декабрь 1957 г.) были заслушаны доклады об организации лечебно-профилактической, учебной и научно-исследовательской работы в области детской гинекологии. В 1958 г. прошла конференция детских гинекологов в Киеве, на которой состоялось подведение первых итогов работы в этой области. Первое самостоятельное гинекологическое отделение открылось в 1959 г. в Центральном научно-исследовательском институте автоматики и гидравлики. За последующие 15 лет был накоплен настолько большой опыт, что вопросы детской гинекологии заняли заметное место в повестке VII Международного конгресса акушеров-гинекологов (Москва, 1973).
В 1971 г. ряд специалистов, работающих в области детской гинекологии, по собственной инициативе объединились в Международную федерацию детских и подростковых гинекологов (FIGIJ). Европейская ассоциация специалистов по детской и подростковой гинекологии (EURAPAG) была основана 15 апреля 2008 г. и зарегистрирована в Праге. Основателем и первым президентом EURAPAG был Ян Хорейши, который внес огромный вклад в детскую гинекологию; главным направлением его работы были пороки развития половых органов. Существование EURAPAG было подтверждено на первом собрании делегатов, состоявшемся в ходе XI Европейского конгресса по детской и подростковой гинекологии, который проводился FIGIJ 12 июня 2008 г. в Санкт-Петербурге. Все национальные ассоциации или федерации детских и подростковых гинекологов, включая российскую, пользуются методической, организационной поддержкой FIGIJ. Ведущим центром развития репродуктологии в рамках детской гинекологии стала в 1970-х гг. кафедра акушерства и гинекологии Ленинградского педиатрического медицинского института, где под руководством профессора Н.В. Кобозевой было выполнено более десятка диссертационных исследований, посвященных структуре и функции органов женской половой системы в возрастном аспекте, начиная с антенатального периода онтогенеза. Итогом было издание руководства для врачей Н.В. Кобозевой, М.Н. Кузнецова, Ю.А. Гуркина «Гинекология детей и подростков» (Л.: Медицина, 1981). В дальнейшем исследования были продолжены на первой в стране кафедре детской и подростковой гинекологии, основанной на факультете усовершенствования врачей Педиатрической медицинской академии в 1989 г. профессором Ю.A. Гуркиным, учеником Н.В. Кобозевой. Ю.А. Гуркин считается одним из основоположников в области детской и подростковой гинекологии в России и в Европе. Он окончил Ленинградский педиатрический медицинский институт в 1962 г., а в 1964 г. начал свою научную работу в отделении акушерства и гинекологии в том же институте. В 1969 г. он защитил кандидатскую диссертацию на тему: «Функциональная морфология яичников в перинатальном периоде», в 1974 г. стал доцентом, а в 1986 г. защитил докторскую диссертацию на тему: «Дисфункция яичников у детей и подростков». Научно-педагогическим коллективом кафедры изучались влияние перинатальных факторов на половое созревание девочек, особенности остеобразования при патологии пубертата, проблемы реабилитации половой системы девушек, подвергшихся операции искусственного аборта, негормональные воздействия на половую систему девушек, лечение воспалений гениталий и др.
Важным в отношении дальнейшего развития детской гинекологии является приказ Министерства здравоохранения РФ от 20 октября 2020 г. № 1130н «Об утверждении Порядка оказания медицинской помощи по профилю «акушерство и гинекология», в VIII разделе которого регламентировано оказание медицинской помощи несовершеннолетним девочкам и подросткам с гинекологическими заболеваниями (в возрасте до 17 лет включительно). Разработаны правила организации деятельности кабинета врача акушера-гинеколога для несовершеннолетних в Центре охраны репродуктивного здоровья подростков, рекомендуемые штатные нормативы и стандарт оснащения.