Знание особенностей развития половой системы в эмбриональном периоде способствует пониманию формирования ее разных органов, включая вульву и влагалище. Генетический пол определяется во время оплодотворения яйцеклетки. На 3-й неделе после оплодотворения яйцеклетки, еще до развития гонад, зародышевые клетки мигрируют из желточного мешка в урогенитальную складку через каудальную часть кишки (hundgut), на 4-й неделе клоака разделяется на прямую кишку и урогенитальный синус, примордиальные зародышевые клетки достигают мезонефральных складок и складок гонад, что сопровождается пролиферацией мезодермы. Наиболее ранние процессы формирования гонад (как женского, так и мужского типа) совершаются под воздействием некоторых транскрипционных факторов, включая WT1 (белок опухоли Вильмса) и SF1 (стероидогенный фактор 1).
В последние десятилетия на основании экспериментальных данных показано важное значение генов в формировании половых органов и, в частности, рецепторов, сигнальных путей, внеклеточных лигандов. На 5-й неделе после оплодотворения яйцеклетки начинается формирование примитивных половых тяжей и при наличии в клетках гена SRY (полопределяющая область Y-хромосомы) половые бугорки начинают приобретать структурные особенности гонад мужского фенотипа. На 7-й неделе развития эмбриона заканчивается так называемая индифферентная стадия развития гонад. При отсутствии воздействия гена SRY структурные особенности половых бугорков становятся свойственными женскому фенотипу. При формировании половых органов женского фенотипа важными представляются сигнальная молекула WNT4, сигнальные пути под воздействием гена R-spondin 1 (RSPO1) и другие факторы.