Эндокринная система работает в тесном взаимодействии с сердечно-сосудистой, иммунной и нервной системами и имеет целый ряд общих принципов структурно-функциональной организации: в эндокринных органах строма слабо развита, так как это органы паренхиматозного типа; эндокринные клетки имеют разнообразное происхождение (в основном эпителиального генеза, мышечного происхождения — юкстагломерулярные, секреторные кардиомиоциты, соединительнотканные элементы — интерстициальные клетки почек и половых желез, нервного происхождения клетки гипоталамуса, эпифиза, мозгового вещества надпочечника и С-клетки щитовидной железы); продукты клеток — гормоны — контактируют с рецепторами клеток-мишеней и через посредников или в связи с рецептором поступают в ядро и вступают во взаимодействие с геномом клетки; все эндокринные образования обильно кровоснабжаются, и инкреты поступают непосредственно в кровь, в связи с этим выводные протоки отсутствуют; капилляры микроциркуляторного русла фенестрированного или синусоидного типа имеют высокопроницаемые стенки и широкий просвет.
Эндокринная система регулирует деятельность всех органов и систем, обусловливая их функциональное единство. Гормональная регуляция физиологических функций обеспечивает физическое, половое и умственное развитие, адаптацию организма к изменяющимся условиям внешней среды, поддерживает гомеостаз. Существующее тесное взаимодействие между нервной и гормональной регуляцией функций содействует процессу поддержания гомеостаза и приспособления организма к изменениям окружающей среды.
Гормональная регуляция представляет собой высшую форму гуморальной регуляции физиологических функций. Для гормонального механизма регуляции характерно медленное распространение управляющих воздействий, продолжительное влияние на физиологические функции и специфическое воздействие на деятельность органов и клеток-мишеней.