Поиск
Озвучить текст Озвучить книгу
Изменить режим чтения
Изменить размер шрифта
Оглавление
Для озвучивания и цитирования книги перейдите в режим постраничного просмотра.

Глава 8. МНОЖЕСТВЕННОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

8.1. Определение, этапы и методы множественного выравнивания

Множественное выравнивание - выравнивание трех последовательностей и более, при котором:

► гомологичные остатки выровнены в столбцах поперек длины последовательности;

► остатки являются гомологами в эволюционном смысле;

► остатки являются гомологами в структурном смысле.

Таким образом, сопоставляемые остатки разных белков должны иметь общее происхождение, выполнять аналогичную функцию, одинаково располагаться в пространстве. Цель множественного выравнивания - охарактеризовать данные о структуре последовательностей, чтобы принять решение об их принадлежности к определенному семейству генов.

При использовании множественного выравнивания важно учитывать следующее:

► множественное выравнивание более чувствительно (по сравнению с парным) для выявления гомологии;

► результаты BLAST могут принимать форму множественного выравнивания и выявлять консервативные остатки или мотивы;

► есть возможность применения для анализа популяционных данных;

► один запрос может быть просматриваемым в БД множественных выравниваний (например, Pfam);

► регуляторные регионы генов могут иметь схожие последовательности, обнаруживаемые с помощью множественного выравнивания.

Результаты множественного выравнивания позволяют вычислить эволюционные дистанции между последовательностями, определить тип и характер аминокислотных замен и т.д. Выявление консервативных

участков (могут являться элементами вторичной структуры, сайтами связывания лигандов и другими функциональными мотивами) используется для предсказания вторичной и третичной структуры и функции белков, для идентификации новых представителей семейств белков.

При оценке результатов множественного выравнивания необходимо учитывать возможное наличие в сравниваемых последовательностях консервативных признаков вторичной структуры, мотивов, регионов с постоянными инсерциями и делециями.

Для продолжения работы требуется Регистрация
На предыдущую страницу

Предыдущая страница

Следующая страница

На следующую страницу
Глава 8. МНОЖЕСТВЕННОЕ ВЫРАВНИВАНИЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ
На предыдущую главу Предыдущая глава
оглавление
Следующая глава На следующую главу

Оглавление

Данный блок поддерживает скрол*