Филогенетически ВИЧ-2 ближе к вирусу иммунодефицита обезьян, чем к ВИЧ-1. Репликация как ВИЧ-1, так и ВИЧ-2 происходит в лимфоцитах CD4; оба вируса вызывают СПИД. В то же время ВИЧ-2 менее вирулентен, поэтому менее контагиозен, и вызываемое им заболевание характеризуется более длительным латентным периодом и доброкачественным течением.
Рис. 2.1. Структурно-генетическая характеристика ВИЧ-1 (имеет 3 структурных гена - Gag, Pol и Env): А - поверхностные гликопротеины gp120/41 образуют выступы на поверхности вириона. При дальнейшем развитии белок gag расщепляется, и Gag p24 образует ядро. Высвобождаются геном вируса, обратная транскриптаза (RT), интеграза и ряд белков; Б - вирус претерпевает разные фазы жизненного цикла; показаны потенциальные мишени для терапии; В - ВИЧ-1 находит пути для противодействия факторам рестрикции TRIM5α и APOBEC3G/3F
ВИЧ-2 встречается преимущественно в Западной Африке. Эпидемия ВИЧ-инфекции в мире обусловлена циркуляцией ВИЧ-1. Колоссальное распространение болезни обусловлено образованием все новых штаммов ВИЧ вследствие его высокой генетической изменчивости.
Высокая степень генетической гетерогенности отражается на структуре, функции и иммуногенности продуктов вирусных генов. В настоящее время в зависимости от строения фрагментов гена env выделено 10 субтипов (клайдов) ВИЧ-1, обозначаемых буквами А-J и другие, а также О (от англ. outlier - в стороне). Субтипы А-Н составляют группу М (major), сегодня доминирующую на Земле, причем почти половину составляет субтип С. С 1990 г. идет рост распространенности субтипа Е.
Изменчивость ВИЧ (в 30-100 раз, а по некоторым данным - и в миллион раз выше, чем у вируса гриппа) касается не только штаммов вируса, выделенных от разных больных, но и штаммов, выделенных от одного и того же больного на различных этапах заболевания. В инфицированном организме человека происходит быстрое изменение вируса с формированием родственных генотипических вариантов. Вирусы, выделенные от больных СПИДом на поздних стадиях заболевания, характеризуются наиболее высокой вирулентностью. Изменчивость ВИЧ и постепенное нарастание его вирулентности являются важными факторами для преодоления защитных сил инфицированного организма. Высокая генетическая изменчивость позволяет вирусу уйти от защитных механизмов иммунной системы инфицированного организма и выживать на протяжении многих лет. Изменчивостью (мутагенностью) вируса также объясняются формирование резистентности (устойчивости) к антиретровирусным препаратам, используемым для лечения СПИДа, и отсутствие до настоящего времени эффективной вакцины.