Взаимоотношения между человеком и микроорганизмами уникальны и исключительно многообразны. С первых минут, более правильно - с первого контакта с окружающей внешней средой, появившийся на свет ребенок сталкивается с различными представителями микробиоты. Происходит быстрое заселение микроорганизмами кожных покровов, слизистых оболочек, дыхательной и пищеварительной систем. Микроорганизмы играют немаловажную роль в периоде адаптации новорожденного, далее в функционировании многих органов и систем, среди которых пищеварительная система занимает ключевое место в развитии ребенка.
Микробиота участвует в различных видах обмена, становлении иммунитета, детоксикации ксенобиотиков и пр. Но, с другой стороны, она может изменяться под влиянием различных эндогенных и экзогенных факторов: лекарственных средств и их метаболитов, радиации и стресса, пестицидов и солей тяжелых металлов и т.п. Нарушения микробиоценоза могут быть умеренными, транзиторны-ми, не сказываясь на функционировании систем и органов человека. При значительных изменениях микробиоты происходят различные отклонения обменных процессов, иммунитета и т.п. Этим изменениям микробиоты придается определенное значение в патогенезе многих заболеваний, включая гастроэнтерологические. Бактерии наряду с другими факторами являются своего рода триггерами в развитии неспецифических заболеваний кишечника - болезни Крона и язвенного колита.
Определение состава микробиоты, прежде всего фекалий, нашло свое место в клинической практике и дало возможность вносить коррективы в лечебно-профилактические мероприятия. Однако даже в условиях современной клинической лаборатории не всегда удается определить истинный характер изменений микробиоты, которые могут быть у практически здоровых людей. К тому же при выполнении бактериологических анализов у конкретного взрослого или ребенка не всегда и не в полной мере учитываются разного рода факторы: питание, прием лекарственных средств, возраст, состояние иммунитета. Например, стресс, гормональные изменения, переезд из одной в другую климато-географическую зону так или иначе сказываются на состоянии микро-биоты и трактуются едва ли не как первопричина болезней либо каких-то функциональных сдвигов в организме. Если исследуются фекалии, то при обнаружении нарушения микробиоценоза они интерпретируются как «дисбактериоз кишечника», нередко становясь главным и единственным клиническим диагнозом.