Фармацевтическая химия лекарственных средств органической природы базируется на двух подходах, связанных с классифиацией многочисленных биологически активных соединений, применяемых в медицине. Первый из них использует нозологическую (фармакологическую, терапевтическую) классификацию, второй - химическую, характерную для органической химии. В классическом учебнике немецкого автора В. Ау-терхоффа (Auterhoff B.H. Lehrbuch der Pharmazeutischen Chemie, 1994), как и в современном издании университета Оксфорда (Pharmaceutical Chemistry, Oxford University Press, 2013), преимущественно используется нозологическая классификация. Несмотря на важную связь с фармакологией, такой подход тем не менее характеризуется отсутствием системы в описании контроля качества разнообразных природных и синтетических ЛС. Например, на основании фармакологической классификации ЛС в раздел «Антибиотики» включены структурно различные соединения (аминогликозиды; тетрациклины; макролиды и азалиды; β-лактамные, пептидные антибиотики и др.). Описание контроля качества субстанций, относящихся к разным химическим классам, оказывается очень объемным и повторяется от раздела к разделу.
Используемая в настоящее время в РФ химическая классификация ЛС позволяет систематизировать и обобщить подход к контролю качества ЛС на основании их химического строения.
Однако, как и любая другая, химическая классификация имеет свои недостатки и противоречия. Например, в молекуле прокаина (новокаина) присутствует сложноэфирная группа.
В то же время прокаин относят не к классу сложных эфиров, а к классу аминокислот ароматического ряда, поскольку при определении подлинности и количественном анализе субстанции первостепенное значение имеют химические свойства ароматических аминов.