Основные принципы организации и проведения профилактических прививок: плановое проведение прививок, учет и отчетность, соблюдение сроков вакцинации, показаний и противопоказаний, обязательный медицинский осмотр ребенка, инструктаж медицинского персонала, информирование родителей о сроках проведения прививок, пользе вакцинации и возможном риске, соблюдение условий хранения вакцин, бесперебойное снабжение препаратами и бесплатное проведение большинства прививок.
Прививки могут проводить государственные, муниципальные и частные медицинские учреждения. Ответственными за организацию и проведение прививок является руководитель учреждения, где проводится вакцинация (заведующий поликлиники, главный врач), а непосредственно на территориальных участках - врач-педиатр участковый. Ответственность за организацию вакцинации населения по эпидпоказаниям несут территориальные центры санэпиднадзора.
Необходимым условием планирования и проведения профилактических прививок является учет дважды в год всех детей, проживающих на каждой территории. В списки проживающих вносятся новорожденные и вновь прибывшие дети. Проводится учет детей в коллективах, которые они посещают (дошкольных учреждениях, школах и др.). На каждого ребенка должна быть оформлена медицинская документация: история развития ребенка, карты профилактических прививок, медицинская карта ребенка, посещающего дошкольное учреждение, школу. Сводный план проведения прививок направляется в территориальный центр санэпиднадзора. Основными задачами всех служб, занятых организацией и проведением профилактических прививок, являются жесткий контроль за своевременным проведением прививок каждому ребенку, контроль за соблюдением показаний, противопоказаний и профилактика поствакцинальных осложнений.