Возбудители глубоких микозов представлены преимущественно диморфными грибами, большая часть которых относится к особо опасным возбудителям. Выделение и работа с культурами этих микроорганизмов, таким образом, требует особых условий и может проводиться только в специализированных лабораториях. Исключение составляют возбудители адиаспиромикоза и крипто-коккоза. Для большинства возбудителей характерна эндемичность распространения. При этом подавляющая часть населения различных стран переносит легкие, часто бессимптомные, формы заболевания. Так, постановка внутрикожных проб с гистоплазмином показала, что в США около 80% взрослого населения восточных и центральных штатов инфицировано Histoplasma capsulatum, а с первичными формами кокцидиоидоза ежегодно регестрируются до 100 000 человек. Наибольшую опасность представляют вторичные формы заболеваний. Значение возбудителей глубоких микозов заметно возросло в последние два десятилетия в связи увеличением в мире числа ВИЧ-инфицированных людей и развитием туризма. К группам риска относятся онкологические пациенты, больные сахарным диабетом, получавшие кортикостероидную, иммуно-супрессивную, цитостатическую терапию, перенесшие трансплантацию органов и тканей, а также лица с дефектами клеточного иммунного ответа и т.п.
Человек инфицируется мицелиальной формой возбудителя преимущественно аэрогенным путем, и первичный очаг, таким образом, размещается в легких. В некоторых случаях первичные очаги могут формироваться и в других областях. Например, описаны случаи кокцидиоидоза, возникшие в неэндемичных районах (в том числе в нашей стране) вследствие употребления инфицированных продуктов питания. Первичный очаг при этом располагался в кишечнике. Вместе с тем некоторые исследователи считают недоказанным такой путь заражения.