ДПН являются результатом несоответствия роста костно-хрящевого остова перегородки носа и обрамляющей ее костной её костной рамы, т. е. свода и дна носовой полости. Этот процесс начинается с 3-6 месяцев жизни и оканчивается ко времени прекращения роста лицевого отдела черепа, вызывая ДПН в 28% случаев.
ДПН может быть связана с особенностями эмбриональных закладок, формирующих перегородку носа, как например, при врождённом незаращении твёрдого и мягкого нёба.
Значительно реже наблюдаются компенсаторные ДПН при аномалиях развития внутриносовых структур латеральной стенки носа, полипозе и опухолях полости носа.
Основной причиной ДПН (52%) являются её травматические вывихи и переломы. Внутриутробная и родовая травмы не имеют существенного значения в этиологии ДПН, поскольку мозговая часть черепа у новорожденных существенно преобладает над лицевой, а перегородка носа состоит из нескольких незрелых хрящевых и несросшихся между собой отделов, травматические повреждения которых маловероятны.