Основной причиной деформации перегородки носа (87%) являются её травматические вывихи и переломы, в том числе в результате внутриутробной и родовой травмы, так как перегородка носа в этом возрасте состоит из нескольких незрелых хрящевых и несросшихся между собой легко травмирующихся отделов. По мере роста и формирования лицевого скелета в результате несоответствия роста костно-хрящевого остова перегородки носа и обрамляющей ее костной её костной рамы, т. е. свода и дна носовой полости деформация перегородки носа становится более выраженной, вызывает стойкие функциональные нарушения и деформацию наружного носа.
Деформация перегородки носа также может быть обусловлена нарушением эмбриогенеза челюстно-лицевых зачатков, например, при врождённом незаращении твёрдого нёба или аномалиях развития латеральной стенки полости носа. Значительно реже в детском возрасте наблюдаются вакатные деформации перегородки носа в результате полипоза и опухолей полости носа.