Дифференциальную диагностику необходимо проводить с бактериальным отитом, аллергическим отитом, экземой, новообразованиями и другим воспалительным процессом как наружного, так и среднего уха.
Окончательный дифференциальный диагноз при отомикозе ставится в результате комплексного микологического исследования.