Заболевание вызывается ортопоксвирусом, который относится к семейству Poxviridae, подсемейству Chordopoxviridae, роду Molluscipoxvirus. Инкубационный период заболевания от 1 недели до нескольких месяцев, в среднем — 2–7 недель. Контагиозный моллюск, в отличие от других поксвирусных инфекций, проявляется опухолевидным разрастанием эпидермиса, инфицированные клетки увеличиваются в размерах, лопаются и скапливаются в центре элементов сыпи.