Клинический материал от пациентов для исследования включает отделяемое послеоперационных ран, кровь на стерильность, мокроту, отделяемое носоглотки, мочу, испражнения. Выделение и идентификация стафилококков проводится классическими микробиологическими методами в соответствии с приказом МЗ СССР № 535 от 22.04.85 г. Забор материала проводит медицинская сестра при соблюдении правил асептики.
Материал засевается на чашку с 5% кровяным агаром и на «среду контроля стерильности». Рекомендуется проводить посев на желточно-солевую среду с маннитом. Засеянные питательные среды термостатируются при 35- 37оС в течение 24-48 часов. Отмечают цвет выросших колоний, тип гемолиза, способность ферментировать маннит в аэробных условиях (пожелтение розовой среды), учитывают ореолы вокруг колоний, свидетельствующие о наличии лецитиназы и протеиназы, делают мазки из типичных колоний, окрашивают по Граму, микроскопируют, ставят тест на каталазу. Наличие типичных по морфологии грамположительных кокков с характерным расположением микробных клеток в культуре и положительный каталазный тест позволяет поставить предварительный диагноз стафилококковой инфекции. Производится отсев отдельных выросших колоний (всех различимых морфотипов) для дальнейшего изучения: определения биохимической активности и чувствительности к антимикробным препаратам, бактериофагам а также, в случае необходимости, дезинфектантам. Уже на этом этапе возможно выделение ДНК из отдельных колоний и дальнейшее изучение свойств возбудителя с использованием молекулярно-генетических технологий.
С целью идентификации принадлежности возбудителя к виду S. aureus дополнительно проводят несколько дифференциально-диагностических тестов. Это тесты на наличие коагулазной активности, ДНК-азной активности, сбраживания маннита в анаэробных условиях. При наличии всех положительных реакций и эпидемиологических данных об отсутствии контакта пациента с больными животными принадлежность к виду S. aureus не должна вызывать сомнений. Необходимо заметить, что многие штаммы S. pseudintermedius, так же как и S. aureus, наряду с коагулазой, обладают лецитиназой и способностью ферментировать маннит в аэробных условиях. Учитывая это, для дифференцирования S. aureus от других коагулазоположительных видов в отдельных случаях, особенно у пациентов с выраженной иммуносупресcией, необходимо проведение исследований с использованием молекулярно-генетических методов. Определение чувствительности изолятов к антибактериальным препаратам проводят согласно МУК 4.2.1890-04.
Микробиологический мониторинг предусматривает обязательное микробиологическое исследование материала пациентов, имеющих патологические процессы (отделяемое ран, кровь, моча, фекалии и др.), бактериологическую оценку объектов больничной среды, используемых технологий и манипуляций, и предполагает: исследование перевязочного материала, инструментов, рук медицинского персонала на разных этапах лечебно-профилактического процесса с целью установления возможных факторов передачи возбудителей инфекции. Выделенные штаммы MRSA подлежат обязательному тестированию на устойчивость к дезинфицирующим средствам и антисептикам.
Для обеспечения достоверности результатов все лаборатории, участвующие в эпидемиологическом мониторинге за MRSA, должны иметь адекватную систему внутреннего контроля качества работы и участвовать в Федеральной системе внешней оценки качества (ФСВОК).
Молекулярно-генетический метод исследования включает выделение ДНК Staphylococcus aureus, определение наличия генов mecA, mec C, структурных компонентов стафилококковых хромосомных кассет mec (SCCmec), исследование отдельных факторов патогенности: определение наличия генов энтеротоксинов A, B, C, белка токсического шока (tst), лейкоцидина Пантона – Валентайна методом ПЦР. Проводят секвенирование вариабельной части гена spa, кодирующего синтез протеина А и/или внутренних фрагментов 7 генов общего метаболизма в том числе: карбаматкиназы (arcC), шикоматдегидрогеназы (aroE), глицеролкиназы (glpF), гуанилаткиназы (gmk), фосфатацетилтрансферазы (pta), триозофосфатизомеразы (tpi) и ацетилкоензим А ацетилтрансферазы (yqil).