В настоящих методических рекомендациях под молекулярно-генетическим мониторингом понимается слежение за популяционной структурой возбудителей ИСМП с целью оценки, прогнозирования эпидемической ситуации и обоснования своевременного вмешательства в ход эпидемического процесса.
Задачи, выполняемые при осуществлении молекулярно-генетического мониторинга за возбудителями ИСМП, следующие:
- внутривидовое типирование с целью определения генетической (клональной) общности штаммов микроорганизмов, выделенных от заболевших лиц, вероятного источника инфекции и факторов передачи при эпидемических вспышках и в рутинной практике;
- верификация случаев внутрибольничного инфицирования на основе установленной генетической (клональной) общности штаммов микроорганизмов, идентификация госпитальных штаммов или штаммов, заносимых в стационар;
- идентификация эпидемических клонов, в том числе международных;
- выявление штаммов с необычными биологическими свойствами, штаммов с высокой вирулентностью, резистентностью к АМП или контагиозностью в госпитальных условиях;
- динамическое слежение за микроэволюционными изменениями, происходящими в геномах возбудителей ИСМП, с оценкой их эпидемиологического значения;
- дифференциация истинных вспышек и псевдовспышек, возникших в результате неправильного отбора проб клинического материала для микробиологических исследований или внутрилабораторной контаминации.