Развитие и активное внедрение в медицинскую практику геномных и постгеномных технологий становится в настоящее время все более очевидным фактом, что находит отражение, в том числе и в принятой Правительством РФ «Стратегии развития медицинской науки в РФ до 2025 года», которая относит геномику, протеомику, эпигеномику и биоинформатику к числу приоритетных направлений развития медицины [1].
Также не вызывает сомнений необходимость внедрения современных достижений молекулярной биологии в систему эпидемиологического надзора за инфекционными заболеваниями. Развитие молекулярной эпидемиологии определяется нарастающим многообразием патогенных вариантов микроорганизмов, происходящим вследствие глобальных социальных и экологических процессов, затрагивающих современное общество.
Высказана точка зрения о том, что в современных условиях формируется «система риска», требующая постоянных мониторинговых исследований за популяцией возбудителя [2]. Основными точками приложения подобных мониторинговых исследований являются следующие явления и процессы:
- возникновение новых эпидемических клонов;
- антибиотикорезистентность за счет хромосомных и внехромосомных механизмов приобретения;
- антигенная дивергенция возбудителя с вакцинными штаммами и потеря актуальности вакцин;
- реверсия патогенности живых вакцин;
- маскировка патогенов вследствие межвидовой рекомбинации;
- появление новых онкогенных генотипов бактерий и вирусов и усиление их циркуляции;
- возврат ликвидированных и ликвидируемых инфекций вследствие заноса возбудителей из эпидемиологически неблагополучных регионов мира.
Исходя из обозначенных выше задач очевидно, что диагностические возможности молекулярно-генетических методов в эпидемиологии не исчерпываются использованием их для выявления источников инфекции и факторов передачи возбудителя во время эпидемических вспышек. Основным назначением молекулярно-генетических методов в эпидемиологии в ближайшее время, по-видимому, должно стать слежение за популяционной структурой возбудителей инфекционных болезней с целью оценки, прогнозирования эпидемической ситуации и обоснования своевременного вмешательства в ход эпидемического процесса – то есть молекулярно-генетический мониторинг.[3]
Молекулярно-генетический мониторинг позволяет выявить два основных процесса, которые могут привести к развитию эпидемически значимых событий - занос (завоз) возбудителя в популяцию риска извне или направленную перестройку популяции возбудителя in situ (спонтанный генетический дрейф), что применительно к эпидемиологии ИСМП обозначает возможность выявления процессов формирования госпитальных штаммов и их эпидемического распространения за пределы стационара. В связи с данным обстоятельством в «Национальной концепции профилактики инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи» особое внимание уделено методам молекулярно-генетического типирования микроорганизмов. В частности, для совершенствования лабораторной диагностики и мониторинга возбудителей ИСМП предлагаются мероприятия, направленные на «расшифровку генома актуальных возбудителей ИСМП, циркулирующих в учреждениях здравоохранения; создание референс-лабораторий, обеспечивающих ... проведение дорогостоящих и технически сложных исследований, включая молекулярно-генетическое типирование» [4].
В настоящих рекомендациях систематизированы методические подходы к реализации эпидемиологического надзора за ИСМП, проводимого с использованием методов молекулярно-генетического типирования.