| Термин | Определение |
| госпитальный штамм | штамм микроорганизма, адаптированный к циркуляции в медицинском учреждении и вызвавший связанные случаи ИСМП |
| эпидемический штамм (эпидемический клон) | штамм микроорганизма, вызвавший связанные случаи ИСМП в нескольких (не менее чем в двух) различных ЛПМО |
| международный эпидемический клон | штамм, вызвавший связанные случаи ИСМП в ЛПМО нескольких (не менее чем в двух) географических регионах |
| молекулярно- генетический мониторинг | слежение за популяционной структурой возбудителей инфекционных заболеваний с целью оценки, прогнозирования эпидемической ситуации и обоснования своевременного вмешательства в ход эпидемического процесса. |
| лаборатория, выполняющая функции референсного центра | лаборатория, созданная на базе научно-исследовательских учреждений для оказания консультативно-методической и практической помощи учреждениям здравоохранения субъектов Российской Федерации в идентификации и внутривидовом типировании возбудителей ИСМП |