10. Молекулярно-генетический мониторинг возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, проводимый в лабораториях, выполняющих функции референсных

Идентификация международных эпидемических клонов возбудителей осуществляется на основании сопоставления данных молекулярно-генетического типирования, проведенного в референс-лаборатории, с данными, представленными в международных электронных базах данных генотипов микроорганизмов, или на основании сравнения с данными, полученными в других регионах (другими референсными лабораториями).

В настоящее время для решения задач «глобальной эпидемиологии» и слежения за распространением международных эпидемических клонов возбудителей активно применяются базы данных, основанные на использовании метода мультилокусного секвенирования — типирования (MLST): www.mlst.net и www.pubmlst.org, а также базы данных Парижского института Пастера www.pasteur.fr/recherche/genopole/PF8/mlst .

Эти базы данных позволяют сопоставлять полученные исследователем результаты MLST- типирования с уже имеющимися в них данными. Имеется возможность выбора данных по географии штаммов, подвергшихся типированию, по типу клинических проявлений (например, можно выбрать только инвазивные изоляты), по типу эпидемиологических проявлений, связанных с ними (например, можно выбрать спорадические или эпидемические штаммы). Кроме того, имеется возможность построить при помощи алгоритма eBURST дендрограмму, отражающую филогенетические взаимоотношения штаммов, выбранных по заданному критерию. Например, на рис. 7 представлено филогенетическое дерево штаммов S.aureus, выделенных в России.

Рис. 7. Вид страницы базы данных www.mlst.net, содержащей дендрограмму, построенную с использованием алгоритма eBURST

Аналогичными возможностями обладают базы данных, основанные на использовании других методов генотипирования. Например, в отношении S.aureus хорошо зарекомендовал себя метод секвенирования одного вариабельного гена поверхностного протеина А (т. н. метод spa-секвенстипирования). Данный ген имеет множество вариантов (аллелей) в зависимости от числа и состава прямых повторов в нем. Электронная база данных spa-типов доступна по адресу http://spa.ridom.de.

При сопоставлении результатов типирования методом MLVA используют базу данных MLVAbank (http://mlva.u-psud.fr/mlvav4/genotyping/).