Для доказательства существования связей между источником инфекции, факторами передачи и последующими случаями заболеваний используют методы внутривидового типирования микроорганизмов. При этом исходят из предположения, что штаммы возбудителя, выделенные от источника инфекции, с объектов внешней среды, являющихся факторами передачи, и от всех заболевших в очаге, связанных с источником инфекции, являются идентичными по своим биологическим свойствам (фенотипическим и генотипическим) в отличие от штаммов, не связанных с изучаемой эпидемической цепочкой. Методы внутривидового типирования микроорганизмов, проводимого с эпидемиологическими целями, подразделяют на фенотипические (также называемые традиционными или немолекулярными) и молекулярно-генетические (генотипические).
К фенотипическим методам внутривидового типирования относят методы, позволяющие устанавливать различия между штаммами микроорганизмов по способности утилизировать или использовать в качестве субстрата те или иные питательные вещества (биотипирование), особенности антигенной структуры (серотипирование, иммунный блоттинг), чувствительность к бактериофагам (фаготипирование), бактериоцинам (бактериоцинотипирование) или АМП (антибиотикотипирование). Следует отметить, что фенотипические методы типирования штаммов микроорганизмов не всегда обеспечивают получение достоверной информации вследствие следующих причин:
- Невысокая информативность фенотипических методов типирования и низкая дискриминационная способность. Штаммы микроорганизмов, имеющие различное происхождение, могут иметь одинаковые фенотипические свойства в силу единообразия условий окружающей среды. Например, в разных отделениях одного стационара или в разных ЛПМО, в которых используют одни и те же АМП, могут обнаруживаться штаммы возбудителей ИСМП с идентичным профилем устойчивости к АМП. Поэтому «антибиотикотипирование» не может быть использовано в качестве единственного метода при доказательстве эпидемического распространения возбудителей ИСМП из одного отделения стационара в другое или межстационарного распространения возбудителя.
- Недостаточная воспроизводимость результатов фенотипических методов типирования. В процессе культивирования на различных питательных средах могут происходить изменения биологических свойств, таких как способность к продукции бактериоцинов и токсинов, чувствительность к АМП, включая бактериофаги и др.
В целом, фенотипические методы типирования считают слишком вариабельными, трудоемкими и медленными для успешного применения в эпидемиологической практике [5] (уровень доказательности – 4.).
Генотипические методы внутривидового типирования (генотипирование), как правило, лишены указанных недостатков.