ОАП нужно дифференцировать от больших аортолегочных коллатеральных артерий, коронаролегочных фистул, разрыва синуса Valsalva и ДМЖП с аортальной недостаточностью, имеющими схожую клиническую картину. У взрослых больных с ВПС часто происходит кальциноз протока, и эндоваскулярное закрытие в этих случаях является методом выбора.