Сбор биологического материала (фекалии, кровь, рвотные массы, промывные воды желудка) для лабораторных исследований осуществляется до начала этиотропного лечения медицинским работником, поставившим первичный диагноз острого кишечного инфекционного заболевания (или при подозрении на него); при групповой и вспышечной заболеваемости - персоналом центров Роспотребнадзора и медицинских организаций.
При лечении больного на дому сбор материала для исследования осуществляется персоналом медицинских организаций.
От больных, поступающих в стационары для госпитализации, материал для бактериологического исследования забирается в приемном отделении до назначения антимикробной терапии.
Любой нативный материал для лабораторного исследования собирают в стерильную пластиковую или стеклянную посуду. Срок доставки материала в лабораторию должен быть не позднее 2 ч после сбора и сопровождаться направлением. При невозможности своевременной доставки в лабораторию материала должны использоваться консервант или транспортная среда. Материал помещается в холодильник и направляется на исследование не позднее 12 час после сбора. При подозрении на токсикоинфекцию (бактериальное пищевое отравление) помимо материала от больного на исследования поступают остатки пищевого продукта, подозреваемого в качестве фактора передачи возбудителей инфекции.
Применение молекулярно-генетических методов исследования должно рассматриваться не как альтернатива, а как обязательное дополнение к регламентированным схемам диагностики острых кишечных инфекций, позволяющее эффективно выявлять комплекс вирусных возбудителей ОКИ и проводить оценку идентичности бактериальных и вирусных изолятов.
Молекулярно-генетические методы исследования в очагах ОКИ с групповой заболеваемостью применяются для решения следующих задач:
- наиболее раннего установления этиологии заболеваний с целью своевременного начала адекватной терапии и проведения соответствующих санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий;
- выявления ДНК/РНК возбудителей в предполагаемых факторах передачи и источниках инфицирования;
- оценки идентичности изолятов возбудителей, выделенных из различных материалов с целью определения источников инфицирования и факторов передачи инфекции.
Применение молекулярно-генетических методов исследования является обязательным в случае исследования материала из очагов ОКИ с групповой заболеваемостью при:
- регистрации в очаге групповой заболеваемости ОКИ летальных исходов от данных заболеваний, в том числе установленной этиологии;
- отсутствии выделения от пациентов (> 30% обследованных) безусловных патогенов в сроки, регламентированные действующими нормативно-методическими документами;
- выделении от больных только условно-патогенной флоры в единичных случаях, без достоверно выявленного фактора передачи возбудителя;
- проведении детекции вирусных агентов в материалах из окружающей среды, продуктов питания или лиц - предполагаемых источников инфицирования;
- проведении оценки идентичности изолятов микроорганизмов, выявленных из различных источников и нерезультативном применении при этом комплекса классических микробиологических и серологических методик.
По предложению Всемирной Гастроэнтерологической Организации (2008) микробиологическое исследование при инфекционных диареях показано:
- больным с тяжелыми и генерализованными (септическими) формами болезни (обезвоживанием, лихорадкой или с наличием крови в кале),
- при вспышках инфекции,
- при персистирующих диареях.