Архитектоника желез относительно сохранена (возможна их некоторая скученность), но имеется цитологическая атипия эпителия желез. Важный признак — отсутствие созревания в поверхностных отделах желез (хотя регенерирующий поверхностный эпителий при изъязвлении может имитировать такие изменения). Число бокаловидных клеток уменьшено, они полиморфны, дистрофически изменены. Ранние изменения — нарушение экспрессии циклина D1 и мутации р16, позже — р53.