Образование пигментов - характерный и имеющий важное диагностическое значение признак (встречается у 70-80% клинических изолятов). Pseudomonas aeruginosa продуцирует водорастворимый феназиновый пигмент пиоцианин, окрашивающий питательную среду, отделяемое ран и повязки пациентов в сине-зеленый цвет.
Кроме того, подавляющее большинство культур образует зеленый флюоресцирующий в UV-лучах пигмент флюоресцеин или пиовердин, а некоторые штаммы могут вырабатывать еще и другие пигменты красный (пиорубин), черный (пиомеланин) и желтый ( α-оксифеназин).
Продукция пиоцианинов также может рассматриваться как фактор патогенности, поскольку многие пиоцианины угнетают рост микроорганизмов представителей нормальной микрофлоры тела человека. В анаэробных условиях пигмент обычно бесцветный, но при встряхивании среды (частичная аэрация) приводит к появлению окраски. Высоковирулентные штаммы синтезируют пиоцианин, обладающий свойствами бактериоцина, в больших количествах. Оптимальная температура для синтеза пигментов in vitro 30-37о С. При выделении культур иногда наблюдают атипичные непигментированные или слабопигментированные формы. Обычно их идентификация требует дополнительного тестирования, что усложняет диагностические исследования. Непигментированные штаммы составляют 8,3-18 %, а 6-37% могут быть пигментированы слабо. Чаще беспигментные штаммы выделяются из внешней среды (до 75%).
Основные механизмы изменчивости культуральных признаков Pseudomonas aeruginosa лизогенная конверсия и мутации.
Отсутствие или утрату способности к пигментированию также могут обусловливать сопутствующая микрофлора, действие антибиотиков, дефицит О2 или смена среды обитания с нарушением физиологических свойств бактерий, вызванных искажением белкового метаболизма в патологических измененных тканях, особенно при злокачественных новообразованиях.
Пиомеланин предохраняет микроорганизм от неблагоприятного действия изменений концентрации О2 и UV-лучей. Его наличие также помогает бактериям переносить гипоксию при инфекциях глубоких тканей. Подобные свойства пигмента дают основание считать меланинобразующие штаммы более вирулентными.