Пациенты, у которых в анамнезе была CDI, должны знать, что они имеют высокий риск рецидива заболевания. Применения антибактериальных препаратов у данной группы строго по показаниям с учётом данных оценки чувствительности Clostridium difficile к антимикробным препаратам. После проведения эффективной этиотропной терапии требуется качественная и количественная оценка состава кишечной микробиоты. В случае обнаружения низкого содержания бифидои лактобактерий, низкой антагонистической активности лактофлоры, либо её отсутствия, требуется назначение пробиотических и синбиотических препаратов.
Больным, у которых выполнялось хирургическое лечение, возможно проведение реконструктивно - восстановительных операций, однако последние выполняют при купировании воспаления в слизистой толстой кишки.