Взятие материала для исследования проводит врач-акушер-гинеколог. После введения во влагалище зеркала отделяемое берут стерильным дакроновым или ватным тампоном из заднего и с боковых сводов или с патологически измененных участков слизистой. С целью микроскопического исследования пробу вагинального отделяемого переносят на предметное стекло, стараясь, чтобы материал распределился равномерно, сохраняя естественное взаиморасположение всех компонентов микробиоценоза. Препарат высушивают на воздухе и в закрытой маркированной ёмкости, отправляют в лабораторию в тот же день.
Клинический образец из цервикального канала шейки матки берут в зеркалах. Для взятия материала используют ватный/дакроновый тампон, специальную щеточку. Наружное отверстие цервикального канала необходимо тщательно обработать от вагинальных выделений с помощью ватного или марлевого тампона, чтобы предотвратить возможную контаминацию. Тампон вводят в цервикальный канал на глубину 1-2 см и несколько раз вращают. Клинический материал с тампона переносят на предметное стекло, прокатывая его по стеклу.
Для микробиологического (культурального) или молекулярно-биологического исследования клинический материал, взятый тампоном, помещают в специальную транспортную среду.