Лечение инфекционного эзофагита должно быть комплексным и включать себя не только назначение лекарственных препаратов, но и проведение широкого круга различных мероприятий: модификацию образа жизни, отказ от курения и злоупотребления алкоголем, нормализацию режима труда и отдыха, по возможности ограничение в использовании глюкокортикостероидов, антибиотиков, иммуносупрессивных препаратов.
Пациенты с неосложненным течением инфекционного эзофагита подлежат консервативному лечению. В большинстве случаев оно проводится амбулаторно. Однако при выраженной одинофагии, дисфагии, выраженном болевом синдроме, высоком риске развития осложнений (например, риск развития кровотечения из язв пищевода у пациентов с тромбоцитопенией), тяжелой степени иммунодефицита, развитии генерализованных форм заболевания, тяжелых сопутствующих заболеваниях целесообразна госпитализация пациентов.