Имеющиеся данные о прогнозе течения СРК неоднозначны. Согласно наиболее масштабному исследованию, у большинства пациентов с СРК симптомы, несмотря на проводимое лечение, сохраняются, но не усиливаются. Вероятность купирования симптомов СРК при наблюдении в течение 12-20 месяцев составляет 38%. К факторам, оказывающим негативное влияние на прогноз заболевания, относятся нежелание получать лечение, тревожность по поводу рисков, связанных с заболеванием, нарушение повседневных функций в результате СРК, длительный анамнез СРК, хронический стресс, а также наличие сопутствующих психиатрических заболеваний.