Дифференциальный диагноз должен проводиться в первую очередь с врожденными структурными миопатиями, врожденными мышечными дистрофиями, митохондриальными миопатиями, различными заболеваниями, проявляющимися клиническим симптомокомплексом «вялого ребенка».