Течение ББ отличается разнообразием: наряду с лёгкими вариантами наблюдаются тяжёлые, даже фатальные. У больных с поражением ЦНС в дебюте болезни прогноз неблагоприятный. Плохие прогностические факторы в отношении функции органа зрения - рецидивирующий облитерирующий васкулит сосудов сетчатки и их тромбоз.
Согласно наблюдениям турецких и японских исследователей, у 20-50% больных с ББ через 3,5 года от первых симптомов поражения глаз падает острота зрения, а через 5 лет без лечения у таких больных может наступить слепота. Поражение ЦНС, желудочнокишечного тракта, вовлечение в процесс крупных артериальных или венозных сосудов рассматриваются как прогностически неблагоприятные проявления.
Причины летальных исходов при ББ - желудочнокишечное кровотечение, перфорация кишки, синдром верхней или нижней полой вены, цереброваскулярные поражения и сепсис.