До последнего времени выделяли две основные формы АФС: вторичный АФС, связанный с СКВ или какимлибо другим преобладающим заболеванием, и первичный АФС, рассматриваемый как самостоятельная нозологическая форма. Однако, поскольку первичный АФС может быть вариантом дебюта СКВ, достоверный диагноз может быть поставлен только в процессе довольно длительного наблюдения за пациентами; предполагается не подразделять АФС на вторичный и первичный. К подтипу первичного АФС относится синдром Снеддона - сочетание сосудистомозговых нарушений и ливедо при выявлении в крови аФЛ.
Отдельную форму представляет так называемый катастрофический АФС, который может развиваться в рамках как вторичного, так и первичного АФС и характеризуется распространённым тромбозом, часто приводящим к полиорганной недостаточности и гибели пациентов, несмотря на лечение.