Клиническое течение ВИЧ-инфекции у детей, больных туберкулёзом, и прогноз заболевания, по всей видимости, связаны с путём инфицирования ВИЧ. Раннее инфицирование в период внутриутробного развития может приводить к гибели плода, о чём, возможно, свидетельствует более высокое количество спонтанных абортов, дефектов плода и мертворождённых у ВИЧ-инфицированных женщин. Заражение во время родов, видимо, приводит к более позднему появлению признаков инфицирования. Наконец, заражение парентеральным путём вызывает более длительное прогрессирование заболевания. По данным И.А. Поповой, наиболее существенным фактором, определявшим выживаемость ВИЧ-инфицированных детей в очагах инфекции, был их возраст в момент заражения. В группе с быстрым прогрессированием заболевания возраст детей в момент заражения колебался от 1 до 11 мес, а в группе с медленным прогрессированием - от 18 мес до 11 лет.
Основной особенностью клинического течения туберкулёза и ВИЧ-инфекции у детей, особенно заразившихся от ВИЧ-инфицированных матерей, является задержка психомоторного развития, связанная с поражением головного мозга ВИЧ, которое морфологически проявляется атрофией мозговых структур. Для детей характерно развитие лимфоидного интерстициального пневмонита и лимфоаденопатий, что затрудняет дифференциальную диагностику с туберкулёзом внутригрудных лимфатических узлов. Дети, в отличие от взрослых, чаще страдают от вторичных бактериальных инфекций: отитов, синуситов, инфекций мочевыводящих путей, пневмоний и т.д.
Морфологические проявления и течение туберкулёзного процесса зависят от возраста и состояния иммунитета на момент заболевания. У детей раннего возраста туберкулёз протекает тяжело: с наклонностью к диссеминации, генерализации процесса с поражением ЦНС. Распространённость туберкулёзных поражений связана не только с состоянием иммунной системы в целом, но и с отсутствием противотуберкулёзного иммунитета, так как детей, рождённых от ВИЧ-инфицированных матерей, не прививают вакциной БЦЖ до 18-летнего возраста.