Нетуберкулёзные микобактерии передаются от человека к человеку крайне редко. Частота выделения некоторых их видов из материала от больных сопоставима с частотой выделения этих видов из объектов внешней среды. Источниками заражения могут быть сельскохозяйственные животные и птицы, необработанные продукты. Микобактерии обнаруживают в послеубойном материале и молоке крупного рогатого скота.
По данным бактериологических лабораторий из 42 регионов Российской Федерации, распространённость нетуберкулёзных микобактерий в 2004-2005 гг. составила 0,5-6,2% среди всех микобактерий у впервые выявленных больных. Вероятно, частота может быть несколько выше, так как используемый способ обработки диагностического материала не является оптимальным для нетуберкулёзных микобактерий. Сапрофитные микобактерии могут присутствовать в диагностическом материале при несоблюдении правил сбора, или в силу особенностей материала (например, M. smegmatis может выделяться из мочи пациентов мужского пола). В связи с этим важно многократно подтвердить обнаруженный вида микобактерий из материала от больного.
Микобактерии поражают кожные покровы, мягкие ткани, а также могут вызывать микобактериоз лёгких, что особенно часто при иммунодефицитных состояниях. При лёгочной локализации чаще выявляется у мужчин пожилого возраста, в анамнезе которых есть хронические лёгочные заболевания, в том числе с грибковыми поражениями.
Из всех микобактерий комплекс М. avium-intracellularae является наиболее распространённым возбудителем микобактериозов лёгких у человека. Он вызывает заболевания лёгких, периферических лимфатических узлов и диссеминированные процессы. На севере европейского региона около 60% микобактериозов лёгких. Преобладают фиброзно-кавернозные и инфильтративные процессы, принимающие хроническое течение из-за высокой резистентности к противотуберкулёзным препаратам.