Прогноз ВИЧ-ассоциированной нефропатии сравнительно благоприятен при своевременном применении HAART и ингибиторов АПФ. Степень восстановления функций почек при ОПН у ВИЧ-инфицированных зависит от причины и своевременности её устранения, а также от стадии ВИЧ-инфекции. ВИЧ-ассоциированную ТМА отличает неблагоприятный прогноз: смертность в течение первого года приближается к 100%.