Особенности иммунного ответа, индуцируемого ВИЧ, подразумевают возможность формирования иммунных комплексов, которые индуцируют развитие различных вариантов ХГН у ВИЧ-инфицированных. При ВИЧ-инфекции описаны мембранозная нефропатия, IgA-нефропатия и другие формы МПГН, в том числе приобретающая черты быстропрогрессирующего с формированием типичных полулуний. Также описан нефрит, морфологически и клинически сходный с волчаночным. Одно из наиболее ранних изменений почечной ткани, обнаруживаемое у ВИЧ-инфицированных и при отсутствии изменений мочи и сохранных функциях почек, - мезангиальная гиперплазия, однако индуцирующие её факторы не идентифицированы.
Развитие ВИЧ-ассоциированной нефропатии связано с инвазией ВИЧ в клетки клубочков и эпителиоциты канальцев, а также мезангиоциты; последние экпрессируют CD4, связывающийся с белком gp120 ВИЧ. Кроме того, ВИЧ может индуцировать пролиферацию подоцитов (при участии вирусного гена nef), а также способствовать утрате этими клетками маркёров дифференциации (cинаптоподина, подокаликсина и молекулы WT-1). Подобная трансформация подоцитов наряду с их неконтролируемой пролиферацией приводит к утрате этими клетками барьерной и структурной функций, сопровождаясь коллапсом капиллярных петель клубочка (феномен так называемой коллапсирующей нефропатии).
Глобальная эндотелиальная дисфункция, характеризуемая неконтролируемым высвобождением большого количества факторов тромбогенеза, в том числе фактора фон Виллебранда и тромбоксана с последующей активацией тромбоцитов, гиперпродукцией тканьдеструктивных цитокинов (фактор некроза опухолей α, ИЛ-6, ИЛ-8) и медиаторов гипоксии, обладающих вазоконстрикторным действием (эндотелин-1), определяют распространённое поражение почечного микроциркуляторного русла при ВИЧ-индуцированном ГУС, проявляющемся в первую очередь быстрым развитием ОПН.