Лечение больных туберкулёзом почки подбирают индивидуально для каждого. Специфические противотуберкулёзные средства делят на основные (первого ряда) и резервные. К первому ряду принято относить производные ГИНК (изониазид и пр.), рифампицин, этамбутол и стрептомицин, к резервным препаратам второго ряда - этионамид, протионамид, циклосерин, аминосалициловую кислоту, канамицин и др. Определённые перспективы в последние годы открыло применение фторхинолонов (ломефлоксацин). В комплексном лечении следует использовать весь арсенал противотуберкулёзных средств, индивидуально подбирая дозировку, учитывая характер и стадию процесса, общее состояние больного, тяжесть туберкулёзной интоксикации, состояние других органов и систем. Нужно учитывать, что многие противотуберкулёзные препараты способны нарушать функцию печени и почек, вызывать тяжелый дисбактериоз, аллергические и другие нежелательные побочные действия. Консервативную медикаментозную терапию необходимо сочетать с приёмом ангиопротекторов и неспецифических НПВС, предотвращающих пролиферацию грубой соединительной ткани. При наличии признаков нарушения оттока мочи из поражённой почки он должен быть восстановлен путём установления катетера-стента или нефростомией. Консервативное лечение на первых этапах проводят длительно (6-9 мес, иногда до года). Лишь после оценки результатов консервативной терапии в случаях деструктивного туберкулёза почки ставят вопрос об оперативном лечении.
При туберкулёзном пионефрозе длительное лечение туберкулостатиками бесперспективно. Бывает достаточно курса предоперационной терапии в течение 2-3 нед с последующей нефрэктомией и продолжением специфического лечения для предотвращения вспышки туберкулёзного процесса в единственной оставшейся почке. Если деструктивный процесс носит локальный характер и поражает только один из сегментов почки, специфическую терапию следует дополнить в дальнейшем удалением (резекция почки, кавернэктомия) или санацией (кавернотомия) изменённых участков.