На течение и прогноз СКВ и ВН, в частности в последние десятилетия, наибольшее влияние оказывает иммуносупрессивная терапия. Применение сначала ГК, а затем и цитостатических ЛС привело к увеличению 5-летней выживаемости больных СКВ в целом с 49 до 92% (1960-1995 гг.), больных ВН - с 44 до 82%, в том числе при наиболее тяжёлом IV классе ВН - с 17 до 82%.
Основные факторы неблагоприятного почечного прогноза у больных ВН - повышенная ККСК в дебюте болезни и артериальная гипертензия. Почечная выживаемость зависит также от гистологического класса ВН (прогноз лучше при I, II или V классах; III, IV и VI классы отличаются худшей выживаемостью).
В качестве дополнительных прогностических факторов рассматривают большую давность нефрита, отсроченное начало иммуносупрессивной терапии, высокий уровень протеинурии или нефротический синдром, наличие, частоту и характер обострений. Почечную выживаемость ухудшает также ряд морфологических признаков: интерстициальный фиброз, атрофия канальцев, выраженные сосудистые изменения. К экстраренальным факторам неблагоприятного прогноза относят тромбоцитопению, гипокомплементемию, низкий уровень гематокрита. Выделяют также демографические и социальные факторы прогноза ВН: дебют СКВ в детстве или в возрасте старше 55 лет, мужской пол и низкий социальный статус связаны с худшей почечной выживаемостью. Ответ на иммуносупрессивную терапию, определяемый через год по уровню протеинурии и ККСК, служит удобным показателем в оценке долговременного почечного прогноза.
К причинам смерти больных ВН относят почечную недостаточность, а также инфекции, в том числе сепсис, сосудистые заболевания (ИБС, цереброваскулярные осложнения), тромбоэмболические осложнения, частично связанные с АФС.