Меры профилактики хронического пиелонефрита состоят в своевременном и тщательном лечении острого пиелонефрита, инфекций мочевой системы любой локализации; выявлении и по возможности устранении причин, препятствующих нормальному оттоку мочи (конкременты, стриктуры мочеточников, аденома простаты и др.), функциональных расстройств уродинамики (при гормональном дисбалансе у женщин, применении контрацептивов, менопаузе и т.д.), рефлекторных нарушений мочевыведения (при заболеваниях органов малого таза); в санации хронических очагов инфекции, лечении сопутствующих заболеваний.
Необходимо диспансерное наблюдение уролога либо нефролога (терапевта) и уролога для своевременного лечения обострений, профилактики рецидивов хронического пиелонефрита, его дальнейшего прогрессирования.