Герпесвирус типа 6 считают наиболее вероятным этиологическим агентом рассеянного склероза, лихорадки новорождённых с судорожным синдромом и инфекционного мононуклеоза, негативных по ЭБВ и ЦМВ, а также ассоциированного с HHV-6 энцефалита. HHV-6 является кофактором СПИДа, некоторых форм карцином шейки матки и назофарингеальных карцином.