Клиническая диагностика спорадических случаев ЛЗН проблематична. В эндемичном для ЛЗН регионе всякий случай гриппоподобного заболевания или нейроинфекции в июне-октябре подозрителен на ЛЗН, но может быть диагностирован только с использованием лабораторных тестов. Во время вспышек диагноз может быть поставлен со значительной степенью достоверности на основании клинико-эпидемиологических данных: связи заболевания с укусами комаров, выездами за город, проживанием вблизи открытых водоёмов; отсутствия повторных случаев заболеваний в очаге и связи заболевания с употреблением пищевых продуктов, воды из открытых водоёмов; роста заболеваемости нейроинфекциями в регионе в тёплое время года.
Вирус ЛЗН может быть выделен из проб крови и, реже, СМЖ, взятых у больных в острый период болезни, как правило, до пятого дня от начала заболевания. Лабораторными моделями для выделения вируса могут быть новорождённые и молодые мыши и различные виды клеточных культур.
В те же сроки возможно обнаружение РНК вируса ЛЗН с помощью ПЦР. Материал для обследования методом ПЦР (плазма и/или сыворотка крови, СМЖ) необходимо забирать с использованием только одноразовых пробирок и медицинского инструментария с соблюдением правил асептики и хранить при температуре -70 °С или в жидком азоте до момента проведения исследования.
Серологическая диагностика ЛЗН возможна с использованием методов РТГА, РСК, РН. В настоящее время в практике наибольшее применение получил ИФА, позволяющий обнаружить антитела к вирусу класса IgM и IgG. Ранние антитела класса IgM определяют в первые дни болезни, и их титры достигают очень высокого уровня через 1-2 нед от начала заболевания.
Для серологической диагностики необходимо взять две пробы крови: первая проба - в острый период болезни до 7-го дня от начала заболевания; вторая проба -