Возбудитель проникает через слизистые оболочки верхних дыхательных путей и фиксируется в эпителии бронхов, бронхиол и альвеол, где проходит его репродукция, вызывающая гибель клеток, высвобождение возбудителя и его токсинов. Развиваются бактериемия и токсинемия и, как следствие, лихорадка и интоксикация. Существенное значение имеет присоединение вторичной бактериальной флоры. C. psittaci могут поражать лёгкие, бронхи, печень, селезёнку, мышцу сердца, ЦНС. Подавляя защитные механизмы, возбудитель способен длительно персистировать в макрофагах, ретикулоэндотелиальных клетках и эпителии дыхательных путей, что объясняет возможность затяжного, рецидивирующего и хронического течения болезни. При пероральном инфицировании возбудитель не вызывает каких-либо изменений в органах пищеварительного тракта, отсутствуют и симптомы поражения респираторного тракта, т.е. развивается тифоподобная (лихорадочная) форма болезни.