Для лепры характерны крайне длительный и неопределённый инкубационный период (от нескольких месяцев до 20 лет и более; в среднем 3-7 лет), большое разнообразие клинических симптомов, отсутствие чётких признаков течения.
Современная классификация лепры Ридли-Джоплинга (1966) основана на зависимости клинических симптомов болезни и результатов гистопатологических, бактериоскопических и иммунобиологических исследований от состояния иммунологической реактивности больных к M. leprae. Лепрозный процесс рассматривают как непрерывный спектр иммунопатологических изменений между туберкулоидным и лепроматозным типами лепры, называемыми полярными типами, с выделением трёх пограничных групп: погранично-лепроматозной, пограничной, погранично-туберкулёзной и одной недифференцированной формы.
В качестве продромальных при лепре иногда выступают признаки периферической вегетативной недостаточности и симптомы рефлекторно-сосудистых расстройств (мраморность кожи, цианоз, отёки кистей и стоп, нарушения пото- и салоотделения), а также слабость, ломота, парестезии, кровотечения из носа.
В начале развития манифестных форм заболевания, как правило, отмечают диффузные изменения окраски кожного покрова, одиночные или множественные пятнистые высыпания, варьирующие по локализации, форме, размерам и окраске (эритематозные, гипопигментные, гиперпигментные, синюшные, с буроватым оттенком), усиливающиеся парестезии. В более поздних стадиях болезни возникают ограниченные или разлитые кожные инфильтраты, папулы, бугорки, узлы, ринит и высыпания на слизистых оболочках верхних дыхательных путей, лепрозный пемфигус, выпадение бровей и ресниц (мадароз), амиотрофия, ломкость ногтей, ихтиозиформные признаки, язвы и другие трофические расстройства, грубые нарушения поверхностных видов чувствительности.