Обусловлен особенностями возбудителя, условиями заражения, иммуногенетическими факторами.
Менингококк имеет двойственную природу: с одной стороны, это гноеродный кокк, вызывающий гнойный менингит, артрит; с другой - он содержит (как и другие грамотрицательные микроорганизмы) ЛПС, т.е. эндотоксин, вызывающий развитие интоксикационного синдрома.
Защитные механизмы при менингококковой инфекции связаны с барьерными функциями эпителия носоглотки, действием секреторных IgA, системой комплемента, фагоцитарной активностью полиморфно-ядерных нейтрофилов, специфическими бактерицидными антителами.
При бактерионосительстве паразитирование менингококка на слизистой оболочке носоглотки не сопровождается субъективными нарушениями здоровья, но при осмотре в большинстве случаев обнаруживают картину острого фолликулярного фарингита (местная воспалительная реакция).
При назофарингите аналогичные местные изменения сопровождаются катаральными явлениями, в части случаев - лихорадочной реакцией, что обусловлено токсинемией. Механизм генерализации инфекции изучен не до конца, однако ряд факторов, способствующих генерализации, известен: высокая IgA-протеазная активность эпидемического штамма, высокая инфицирующая доза при тесном контакте. Важное значение имеет состояние слизистой оболочки носоглотки. Предшествующая респираторная инфекция, особенно грипп, способствует генерализации менингококковой инфекции. Существенное значение имеет возрастная реактивность организма. При врождённом дефиците терминальных компонентов системы комплемента (С7-С9) частота встречаемости генерализованных форм болезни возрастает в 100 раз.
Важнейшее звено патогенеза генерализованной формы менингококковой инфекции - бактериемия. При этом течение инфекционного процесса зависит от соотношения патогенных свойств возбудителя и защитных механизмов. В оптимальных случаях (лёгкие формы менингококкемии) гибель менингококка сопровождается высвобождением небольших количеств ЛПС, обладающего мощным активизирующим действием на все защитные системы организма, благодаря чему организм быстро освобождается от возбудителя. Однако чаще, в связи с интенсивной бактериемией, нейтрофилы вырабатывают свой ресурс миелопероксидазы, и фагоцитоз становится незавершённым. Нейтрофилы, содержащие жизнеспособные менингококки, преодолевают гистогематические барьеры и заносят возбудитель в субарахноидальное пространство и полость суставов, где развивается гнойное воспаление.