Для шигеллёза характерно поражение дистального отдела толстой кишки (проктосигмоидит, сфинктерит). В тяжёлых случаях поражение может распространяться на весь кишечник. Степень выраженности морфологических изменений соответствует тяжести течения болезни. Изменения носят очаговый характер. Возможен катаральный, катарально-геморрагический проктосигмоидит, в более тяжёлых случаях воспаление носит фибринозный характер с образованием эрозий и язв. При этом язвенные дефекты, как правило, неглубокие, с выраженным воспалительным валом, имеющие чёткие контур, размером до 1 см.
При сальмонеллёзе поражение толстой кишки обнаруживают при гастроэнтероколитическом варианте болезни, имеется картина катарального проктосигмоидита, в редких случаях - катарально-фолликулярный или геморрагически-некротический колит.
При кампилобактериозе изменения в толстой кишке ограничиваются диффузным отёком и гиперемией, иногда с кровоизлияниями, в редких случаях - язвенно-некротические изменения.
При иерсиниозном колите могут выявить изъязвления в местах скопления лимфоидной ткани. В подвздошной кишке наблюдают продольные язвы, в толстой - овальные или точечные эрозии. Характерно наличие выраженного отёка в поражённых сегментах.
При амёбиазе на слизистой оболочке толстой кишки образуются язвы, которые увеличиваются по периферии и вглубь, достигая мышечного и (реже) серозного слоя. Рубцевание язв сопровождается образованием стриктур. Язвы резко отграничены от окружающей ткани, имеют неровные края. Дно язв покрыто некротическими массами, края подрытые и приподнятые, гиперемия вокруг язв не выражена. Язвы могут быть изолированными и множественными, локализуются преимущественно в слепой кишке. Вторая по частоте локализация - прямая и сигмовидная кишка, реже - ободочная кишка, аппендикс и терминальный отдел подвздошной кишки.