Наиболее часто возникают головная боль, боли в костях, мышцах, пояснице, животе. Риск развития болей выше у лиц с высокими значениями количества лейкоцитов в крови (особенно более 50×109/л). Лейкоцитоз более 50×109/л наблюдается примерно у 24%, тромбоцитопения менее 100×109/л - у 42% здоровых доноров. Возможно транзиторное повышение активности печёночных ферментов, снижение уровня альбумина, спленомегалия при длительном применении. В местах инъекций возможны гиперемия, отёчность. Может развиться гриппоподобный синдром, астения, снижение АД, аллергические и анафилактические реакции. В редких случаях возможно развитие лёгочной недостаточности, дистресс-синдрома у взрослых, плевритов, перикардитов. Побочные эффекты при назначении препаратов гранулоцитарного колониестимулирующего фактора развиваются реже, чем при назначении препаратов гранулоцитарно-макрофагального колониестимулирующего фактора.
В период лечения необходим систематический контроль картины периферической крови с обязательным подсчётом лейкоцитов, тромбоцитов, гематокрита, клеточного состава костного мозга. При химиотерапии препараты не предотвращают развитие тромбоцитопении и анемии. Лечение должно быть приостановлено при выраженном лейкоцитозе (более 50×109/л), тромбоцитопении (100×109/л). При использовании стимуляторов лейкопоэза в целях мобилизации клеток-предшественников гемопоэза их отменяют, когда количество лейкоцитов превышает 70×109/л. В период лечения следует регулярно контролировать уровень альбумина сыворотки крови, размер селезёнки. При заболеваниях лёгких необходима динамическая оценка параметров газообмена и лёгочной вентиляции. Следует отменить стимуляторы лейкопоэза, если есть признаки серозитов.